O mata-mata das quartas de final acontece em confronto único, assim como será a semifinal, e os clubes de melhor campanha na primeira fase conquistaram a condição de mandante: Santos, Palmeiras, Bragantino e São Paulo.

Em caso de empate no tempo regulamentar, a partida será decidida em disputa de pênaltis.

Dos grandes de São Paulo, somente o Corinthians ficou fora do mata-mata. Também se despediram da disputa: Água Santa, Guarani, Mirassol, São Bernardo, Botafogo-SP, além dos rebaixados Ituano e Santo André - que terminaram com as menores pontuações da primeira fase.

Os quatro vencedores das quartas avançam para a semifinal, com data prevista inicialmente para 27 de março, uma quarta-feira após a pausa para Data Fifa.